アフラトキシンにひどく汚染された飼料は廃棄すべきである。軽度の汚染であれば、適切な処理の後、飼料基準を満たすことができれば、まだ使用することができる。簡単な除去方法をいくつか紹介しよう：
1.水洗浄法：この方法は種子飼料の無害化に適している。その方法は：まずカビの生えた飼料を粉にして水槽に入れ、3～4倍の水を加えてかき混ぜる。
2.ピッキング法：飼料のカビ部分を摘出する方法である。ワラやペレット飼料の無害化処理に応用できる。
3.乾燥無害化法：この方法は主に藁飼料の無害化に使われる。その方法とは：まずカビの生えた飼料を天日で乾燥させ、換気して毛羽立たせ、カビの胞子を取り除き、無害化する。.
4.脱菌・無害化法：カビが生えたトウモロコシの毒素は主にトウモロコシの胚に集中しているため、この方法は主にトウモロコシの無害化に用いられる。方法は、まずトウモロコシを1.5～4.5mmの小粒子に粉砕し、5～6倍の水を加えて撹拌する。胚の破片は軽いので水面に浮き、取り除くか、水と一緒に捨てる。これを数回繰り返すことで、脱胚解毒の目的が達成される。
5.石灰水浸漬法：この方法は、トウモロコシ、ソルガムなどの種子飼料の無害化に適している。方法は：まずトウモロコシのような大きいカビ飼料を粉砕して直径1.5-5mmの小さいペレットにし、120メッシュのふるいを通過した石灰粉末を0.8%から1%の割合でカビ飼料に混合し、最後に石灰と混合する。 粉末と水を1：2の割合で容器に入れ、1分間撹拌した後、5-8時間静置し、水を注ぎ、水で2-3回洗浄する。一般的に、解毒率は90%以上に達することができる。
6.熱処理方法：高湿度条件下では、高熱または高熱と圧力で毒素を破壊することができる。例えば、汚染されたトウモロコシを260℃で処理すると、アフラトキシン含有量を85%減少させることができる。.
7.アルカリボイル処理法：この方法は種子飼料の無害化処理に適している。方法は：カビの生えた飼料100グラムに対して、3倍の水を加え、ソーダ粉500グラムまたは石灰1000グラムを加えて一緒に煮る。飼料がひび割れるまで煮たら冷まし、アルカリ臭がなくなるまで水で洗う。こんな時に使える。.
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